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1954 wurde der Gemeinde Wasserburg durch das Kreispräsidium Lindau im Einvernehmen mit der Bayerischen Regierung das Recht zur Führung eines Wappens zuerkannt. Als „sprechendes Wappen“ enthält es im unteren Teil auf blauem Grund eine Burg im Wasser, im oberen Teil den aufgerichteten Bären von St. Gallen auf weißem Silbergrund. Weiß und blau drücken die Zugehörigkeit zu Bayern aus.
Der Bär hat seine Herkunft vom St. Galler Bären, über den eine freundliche Legende zu erzählen weiß, dass einst ein Bär dem Einsiedler Gallus die Brotzeit weggefressen habe und dafür auf Befehl des heiligen Mannes Holz für dessen Feuer herbeischaffen musste. Dafür sei er mit einem Brot entlohnt worden, worauf er zufrieden abgezogen sei.
Da Wasserburg seit ältester Zeit und über tausend Jahre hinweg eng mit dem Kloster St. Gallen verbunden war, kam der St. Galler Bär in das Wasserburger Wappen. Der Name Wasserburg, als „Wazzarburuc“ in der ältesten erhaltenen Urkunde auftauchend, deutet an, dass hier eine durch Wasser geschützte, befestigte Anlage bestand, denn damals war Wasserburg noch eine echte Insel.
